ＰＣＲ技术类似于ＤＮＡ的天然复制过程，其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。ＰＣＲ由变性一退火—延伸三个基本反应步骤构成。这个反应过程在ＰＣＲ反应容器中进行，随着基因扩增仪的不断发展，其反应容器也经历了从１．５ｍｌ到０．２ｍｌ　（０．２５ｍ１）的离心管逐步发展成ＰＣＲ专用的薄壁的０．２ｍｌ，０．１ｍｌｐｃｒ管。随着ｐｃｒ扩增反应数量的提高，逐步形成了ＰＣＲ条、ＰＣＲ板高通量的基因扩增容器。

ＰＣＲ由变性－－退火－－延伸三个基本反应步骤构成

模板ＤＮＡ的变性：

模板ＤＮＡ经加热至９４℃左右一定时间后，使模板ＤＮＡ双链或经ＰＣＲ扩增形成的双链ＤＮＡ解离，以便它与引物结合，为下轮反应做准备。

模板ＤＮＡ与引物的退火（复性）：

模板ＤＮＡ经加热变性成单链后，温度降至５５℃左右后，引物与模板ＤＮＡ单链的互补序列配对结合。

引物的延伸：

ＤＮＡ模板——引物结合物在Ｔａｑ的作用下，以ｄＮＴＰ为反应原料，按碱基配对与半保留复制原理，合成一条新的与模板ＤＮＡ　链互补的半保留复制链。

ＰＣＲ技术的基本原理

该技术是在模板ＤＮＡ、引物和四种脱氧核糖核苷酸存在下，依赖于ＤＮＡ聚合酶的酶促合成反应。

ＤＮＡ聚合酶以单链ＤＮＡ为模板，借助一小段双链ＤＮＡ来启动合成，通过一个或两个人工合成的寡核苷酸引物与单链ＤＮＡ模板中的一段互补序列结合，形成部分双链。

在适宜的温度和环境下，ＤＮＡ聚合酶将脱氧单核苷酸加到引物３´－ＯＨ末端，并以此为起始点，沿模板５´→３´方向延伸，合成一条新的ＤＮＡ互补链。

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