手术器械清洗：手术后器械、刀片、针头、导管等精细器械需要彻底清洁，以防止交叉感染。

眼科器械清洗：眼科手术器械如显微镜、针头、手术刀等，需要超声波清洗机进行精细清洗。

牙科器械清洗：牙科钻头、镊子、牙刷等器械的清洁，保证患者口腔卫生。

内窥镜清洗：内镜管腔内的污垢和微生物，需要超声波清洗机配合化学清洗液进行彻底清洗。

实验室设备清洗：实验室玻璃仪器、试管、烧杯等，避免残留物影响实验结果。

一次性医疗用品清洗：一次性注射器、输液器、导尿管等使用后也需要进行高效清洗和消毒。

手术室设备清洗：手术室的器械台、无影灯、手术床等，确保手术环境的卫生。

消毒器预处理：在使用高温高压消毒器之前，超声波清洗机可以初步去除器械表面的污垢，提高消毒效果。

医疗废物处理：某些医疗废物，如玻璃器皿，可能需要先经过超声波清洗机处理，再进行后续处理。

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