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试剂与材料准备：需要准备微生物基质试剂盒（含Ａ液和Ｂ液）、接种环（１μＬ）、微量移液器和吸头（２．５μＬ）等。

样本要求：待检样本必须是经培养基分离后的纯化菌落。常用的培养基包括哥伦比亚血琼脂、沙保氏葡萄糖琼脂培养基等。样本应新鲜培养，以满足鉴定准确性的要求。

样本前处理：细菌制备采用直涂法。使用１μＬ接种环挑取合适菌落，将微生物菌落涂在靶点中央位置，并摊涂均匀，形成薄层。然后用移液器滴加２μＬ　Ｂ液，待其自然干燥后，滴加１．５μＬ　Ａ液于靶点正中，自然干燥，待测。操作时应戴无粉手套，避免污染。

上机检测：将制备好的靶板放入质谱仪中进行检测。需要注意的是，水分进入真空系统可能会损坏仪器，因此需待靶板完全干燥后，方可将靶板载入真空仓。

数据采集：在质谱仪中，样品通过有效的电离将不同质荷比（ｍ／ｚ）的离子分开形成细菌特异性的清晰的指纹图谱。

数据分析：通过分析关键的质谱峰数据，与数据库中的已知菌种谱图进行比对，即可快速得到细菌鉴定结果。质谱仪得到的鉴定结果在报告之前，应由微生物专业人员进行审核，审核过程中可结合样本来源、染色结果、形态学、培养条件等特征对结果的准确性进行评判。

结果报告：报告结果通常包括分值和一致性，需要专业人员进行审核和解释，以确保结果的可靠性。

质量控制：实验室需按照ＭＡＬＤＩ－ＴＯＦ　ＭＳ制造商的推荐和相关管理指南制定质控程序，包括仪器校准、室内质量控制和室间质量评价。

操作安全：在操作过程中，应遵循生物安全要求，特别是在处理高致病性微生物时，应采用适当的灭活方法，并在生物安全柜中操作。

特殊情况处理：对于特殊类型的菌落，如黏液型菌落或干燥型菌落，可能需要特殊的处理方法以提高鉴定效果。

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