１、脑出血急性期：经颅磁治疗主要通过对大脑进行磁刺激，纠正神经病变，脑出血急性期患者禁止使用，避免刺激脑部而加重脑出血。

２、体内有金属异物：如果体内有金属瓣膜、心脏起搏器等异物，可能含有铁或其他具有磁性的物质，容易干扰经颅磁治疗，因金属作用容易损坏仪器，或对机体造成伤害。

３、其他禁忌证：有出血倾向、凝血功能障碍、肝肾功能衰竭、颅内感染急性期和生命体征不稳定的患者，应禁止使用经颅磁功能治疗，避免在治疗过程中出现出血、血压下降等不良反应。另外，血压、呼吸、心率波动较大，局部损伤感染、免疫力低下或有精神疾患的患者及孕妇，也应禁止使用经颅磁功能，防止仪器刺激大脑而造成不必要的损害。

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