根据配制原料分类

天然培养基

利用动物、植物或微生物体（包括其提取物）制成

难以确切知道其化学成分，但一般营养丰富，微生物生长旺盛，而且来源广泛，配制方便，所以较为常用，尤其适合于配制实验室常用的培养基和大生产上的培养基。稳定性常受生产厂或批号等因素的影响。

合成培养基

根据天然培养基的成分，用化学物质模拟合成、人工设计而配制

用已知化学成分的化学药品配制而成，化学成分精确、重复性强，但价格昂贵，而微生物又生长缓慢，适用于做一些科学研究，例如营养、代谢的研究。

半合成培养基

主要以化学试剂配制，同时还加有某种或某些天然成分

在合成培养基中，加入某种或几种天然成分；或者在天然培养基中，加入一种或几种已知成分的化学药品即成半合成培养基。

根据物理形态分类

固体培养基

在培养基中加入凝固剂，有琼脂、明胶、硅胶等。

常用于微生物分离、鉴定、计数和菌种保存等方面。

半固体培养基

在液体培养基中加入少量凝固剂而呈半固体状态。

可用于观察细菌的运动、鉴定菌种和测定噬菌体的效价等方面。

液体培养基

不加任何凝固剂。成分均匀，微生物能充分接触和利用培养基中的养料。

适于作生理等研究，由于发酵率高，操作方便，也常用于发酵工业。

根据营养成分分类

基本培养基（最低限度培养基）

只能保证某些微生物的野生型菌株正常生长，是含有营养要求最低成分的合成培养基。

往往缺少某些生长因子，所以经过诱变过的营养缺陷型菌株不能生长。

完全培养基（血清细胞培养基）

基本培养基中加入血清、富含氯基酸、维生素和碱基之类的天然物质（如酵母浸出物、蛋白胨等），即加入生长因子而成完全培养基。

可用来满足微生物的各种营养缺陷型菌株的生长需要。

补充培养基

往基本培养基中有针对性加进某一种或某几种该菌株不能合成的营养因子而组成。

满足相应的营养缺陷型菌株生长的需要。